Vive nas densas florestas tropicais e matas ciliares da África Ocidental. Tem hábitos noturnos e é um animal solitário. Passa o dia escondido nos pântanos ou em tocas construídas por outros animais nas margens de rios. Ao contrário do primo comum, o hipopótamo-pigmeu passa mais tempo em terra do que na água. Durante a noite, caminha pela floresta em busca de comida. Alimenta-se de uma grande variedade de vegetais, como folhas, frutas e brotos.

O casal se reúne apenas na época de reprodução. O período de gestação é de aproximadamente 200 dias, nascendo apenas um filhote. O parto ocorre na água ou em um esconderijo.

É uma espécie em perigo de extinção devido à caça para o consumo de sua carne e ao desmatamento. Por ser um animal tímido, os estudos sobre as populações nativas são muito poucos. Além disso, mesmo antes da ação humana, acredita-se que esta espécie nunca foi muito numerosa.

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